Résumons : l'Académie Française (qui n'a pas nécessairement raison) estime que "Au temps pour moi" est la graphie initiale la plus probable, tandis que "Autant pour moi" aurait été créé par assimilation. Par souci de conciliation et puisque la seconde est autant (peut-être même plus) usitée que la première, les deux sont admises.
Mais d'autres y sont allés de leur humour sur l'étymologie de cette expression, pour notre plus grand plaisir :
http://www.langue-fr.net/index/A/au_temps-bis.htm